清朝統一新疆天山南北后，在全疆各地建立其統治機構，行使中央政府對邊疆地區的主權。清朝對新疆的治理主要采用軍府制。在伊犁設置總統伊犁等處地方將軍，簡(jiǎn)稱(chēng)伊犁將軍，統轄新疆天山南北地區軍政事務(wù)。在烏魯木齊、塔爾巴哈臺、喀什噶爾、哈密等地分設都統、參贊大臣、辦事大臣、領(lǐng)隊大臣等官員，分管該地區軍政事務(wù)。這些駐防將軍、都統和大臣等多為滿(mǎn)洲或蒙古官員。所以，他們多用滿(mǎn)文書(shū)寫(xiě)公文向皇帝請示匯報，皇帝也用滿(mǎn)文撰寫(xiě)諭旨頒給有關(guān)官員。因此，在清代中央國家機關(guān)的滿(mǎn)文檔案內保存下來(lái)了近10萬(wàn)件新疆歷史資料，時(shí)間跨度長(cháng)達250年。其內容極其豐富，可謂包羅萬(wàn)象，涉及面甚廣。主要包括職官、軍務(wù)、民政、司法、宗教、民族、財政、農業(yè)、牧業(yè)、礦產(chǎn)、貿易、貨幣、教育、文化、衛生、地理、交通、運輸、工程、外交以及重大歷史事件等方面情況，對歷史研究具有重要的意義，而且絕大部分未曾公布。

中國第一歷史檔案館

內閣學(xué)士班第奏準噶爾至今仍至巴里坤軍營(yíng)搶劫馬匹令所屬官兵嚴加防范折

駐哈密辦事郎中文保等奏報哈密碧流圖卡倫被劫并增兵嚴加防守等事折

內閣學(xué)士班第奏總兵樊廷擊敗準噶爾兵旋即與庫舍圖會(huì )合并派人赴巴里坤軍營(yíng)報告折

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《清代新疆滿(mǎn)文檔案匯編》對歷史研究具有重要的意義，而且絕大部分未曾公布。